Tada 22-godišnjakinja te 1935. godine odlučila se iz Seattlea preseliti u New York. Nadala se da će tamo pokrenuti svoju karijeru na kazalištu, no umjesto toga potpisala je sedmogodišnji ugovor sa  Paramount Pictures. Od 1936. do 1958. godine pojavila se u 15 filmova u kojima je glumila uz zvijezde poput Binga Crosbyja i Caryja Granta.

Frances Farmer je željela da ju kao glumicu ozbiljno shvate a u New Yorku je privukla pažnju Clifforda Odetsa koji joj je ponudio ulogu u svojoj drami Golden Boy. Kritičari su njezinu izvedbu nahvalili i ona je nastavila raditi u kazalištu. Nekoliko mjeseci godišnje provodila je u Los Angelesu i glumila u filmovima. 

Njezin se život 1942. godine počeo raspadati. Te godine razvela se od supruga, a nakon što je odbila glumiti u Take A Letter, Darling, Paramount  je suspendirao njezin ugovor. 19. listopada je uhićena zbog vožnje u pijanom stanju i sa upaljenim svjetlima tijekom razdoblja zamračenja, piše ATI.

Kaznili su ju sa 500 dolara i zabranili joj alkohol. 6. siječnja 1943. godine izdan je nalog za njezino uhićenje jer još do tada nije platila kaznu. Policija ju je pronašla 14. siječnja u hotelu Knickerbocker, pijanu i golu na krevetu. Priznala je da je "pila sve čega se mogla dočepati, uključujući i Benzedrine". Osuđena je na 180 dana zatvora.

Bila je poznata po svom nasilničkom ponašanju, izazvanom alkoholom, pa je tako ozlijedila konobara, policajca, udarala ih nogama i cipelama. Njezina šogorica koja je bila prisutna na suđenju zaključila je da bi bilo bolje da ju se umjesto u zatvor stavio u neku psihijatrijsku ustanovu. Tako je u Kimball u sanatoriju u Kaliforniji provela devet mjeseci. 

Njezina majka Lillian dobila je starateljstvo pa su se njih dvije vratile u Seattle. No ni tamo joj nije bilo puno bolje. 24. ožujka 1944. godine opet je zaprimljena u bolnicu, a nakon tri mjeseca puštena, navodno izliječena. Na slobodi se nije zadržala dugo, a majka ju je ponovno u bolnicu poslala u svibnju 1945. godine. S manjim prekidima u bolnici Western State provela je gotovo pet godina. 

Upravo tih godina i u toj instituciji razvila se zloglasna priča koju je predstavio William Arnold u knjizi iz 1978. godine. Tvrdio je Arnold da je knjiga njezina biografija i da su ju liječnici lobotomizirali. Na suđenju o kršenju autorskih prava vezanih uz adaptaciju knjige za filmske ekrane 1983. godine Arnold je priznao da je priču izmislio. Sudac je presudio da je "dijelove knjige Arnold izmislio iako je knjigu izdao kao djelo koje nije fikcija". 

No šteta je učinjena. Film Frances uključio je njezinu lobotomiju i tako je ta izmišljotina, bez obzira što je bila samo to, postala zapravo činjenica. 

Manje jeziva priča zapravo je prošla neprimijećeno. Tri godine prije tog filma njezina sestra Edith Elliot o njezinom životu pisala je u knjizi  Look Back In Love. U njoj je napisala da je njihov otac posjetio bolnicu 1947. godine i stigao taman na vrijeme da spriječi lobotomiju. Zaprijetio im je tužbom ako budu na njegovoj kćeri izvodili bilo kakve eksperimente. 

Sama je pretrpjela niz zlostavljanja u bolnici. U posthumno objavljenoj autobiografiji  Will There Really Be A Morning? napisala je da "su ju silovali bolničari, glodali štakori i da je otrovana zagađenom hranom, zarobljena u postavljenim ćelijama, obučena u luđačku košulju i gotovo utopljena u ledenoj kupelji". 

Knjigu je započela ali ju nije završila, već je to učinila njezina bliska prijateljica Jean Ratcliffe. Možda su neki dijelovi i uljepšani kako bi se zadovoljile želje izdavača. 1983. godine mediji su pisali kako je Ratcliffe namjerno neke dijelove priče prikazala dramatičnijim nego što su bili u nadi da će joj osigurati ugovor za film.

NOVI DOKAZI Smrt slavne glumice: Bila je pretučena, pa utopljena

Bez obzira koliko je tih informacija bilo točno, 25. ožujka Farmer je otpuštena iz Western State bolnice i ovog puta zauvijek. U strahu da bi ju majka mogla opet institucionalizirati Farmer je pokušala skinuti njezino skrbništvo. 1953. godine sudac je donio odluku da je sposobna brinuti se sama za sebe. 

Nakon smrti roditelja preselila se u Eureku u Kaliforniji i postala knjigovođa. Povezala se sa televizijskim direktorom Lelandom Mikesellom koji ju je uvjerio da se vrati na televiziju. Poslije su se vjenčali, a kasnije i razveli. 1957. godine preselila se u San Francisco i započela svoju povratničku turneju. Pojavila se u The Ed Sullivan Show.  Nekim je medijima rekla kako je iz svega izašla puno snažnija. 

"Dobila sam borbu za kontrolom same sebe", rekla je. 

I dalje je htjela raditi u kazalištu pa se vratila na pozornicu, a čak i snimila novi film. U Indianapolisu je postala voditeljica dnevne serije koji su prikazivali vintage filmove. U pismu kojeg je poslala svojoj sestri 1962. godine, napisala joj je da je uživala u miru i tišini posljednjih nekoliko tjedana. 

"Mislim da se nikada nisam osjećala bolje", rekla joj je. 

No i dalje se borila sa ovisnošću o alkoholu a nakon nekoliko dolazaka na posao u pijanom stanju, dobila je otkaz.

Nastavila je glumiti, a u svojoj autobiografiji tih trenutaka rada za Purdue produkciju prisjeća se kao najboljih i najzadovoljnijih trenutaka.

"Dok sam stajala gore bila je duga tišina, koju je zamijenio najveći aplauz u mojoj karijeri. Sa svojim ovacijama potpuno su pokopali te skandale. Bila je to moja posljednja i najbolja izvedba. Znala sam da nikad više nakon toga neću izaći na pozornicu", napisala je.

I bila je u pravu.

1970. godine dijagnosticiran joj je rak jednjaka a u kolovozu je preminula u dobi od 57. godina. Osim mnogih priča njezin život inspirirao je i pjesmu Kurta Cobaina, koji se i sam borio sa ovisnosti.