Nakon izbijanja afere "mikroskopi" u studenome prošle godine protiv Hrvoja Petrača određen je istražni zatvor. Radi se, podsjećamo, o aferi prodaje sofisticiranih robotskih uređaja hrvatskim bolnicama po cijenama koje su bile puno veće od realnijih od tvrtke poduzetnika Saše Pozdera, a zbog koje je bio uhićen i potom smijenjen ministar zdravlja Vili Beroš, koji je jedno vrijeme proveo u istražnom zatvoru.
Istražitelji sumnjiče Petrača kao šefa zločinačkog udruženja - glavnog organizatora unosnih poslova kojim su iz državnog proračuna, preplaćivanjem opreme, izvlačeni milijuni. Sinovi Novica i Nikola Petrač, osumnjičeni za članstvo u udruženju predali su se te se nakon tri mjeseca iza rešetaka brane se sa slobode, Hrvoje Petrač je u studenome 2024. godine ponovno postao lice s međunarodne tjeralice! Traže ga i preko europskog uhidbenog naloga. "To je posao Interpola, odnosno policije. Bilo gdje da se zatekne u bilo kojoj članici Interpola ili u okvirima Europske unije temeljem EUN-a dužni su lišiti ga slobode i nakon toga provesti odgovarajući postupak izručenja", pojasnio je u veljači 2025. godine glasnogovornik Županijskog suda u Zagreb Krešimir Devčić.
Gdje se skriva, poduzimaju li i što to hrvatska policija i tajna služba u potrazi za njim - nitko službeno ne otkriva. Ranije se šuškalo da Petrač nije daleko od hrvatske granice, ali i da je odluka o predaji isključivo na njemu. Tjednik Dnevno objavio je da je u Izraelu sa svojom životnom partnericom. Nakon ubojstva Vjeke Sliška u središtu Zagreba, tadašnji državni odvjetnik, Radovan Ortynski, je poduzetnika iz Hrvatskog zagorja Hrvoja Petrača, 27. ožujka 2001. godine u emisiji HTV-a “Forum” povezao sa Sliškovom likvidacijom. Petrač se potom sklonio iz zemlje. U intervjuu za “Novi list”, objavljenom 11. travnja 2001. godine, koji je Petrač dao negdje u Sloveniji, rekao je kako je odmah nakon emisije dobio niz ozbiljnih prijetnji da će ga likvidirati. Nakon nekog vremena vratio se u zemlju.
Sina generala Vladimira Zagorca koji je s Petračem bio u prijateljskim odnosima oteli su 2004. godine. Nakon što je policija uhitila počinitelje otmice, sud je podigao optužnicu protiv njih ali i protiv Petrača za kojeg se ispostavilo da je nalogodavac. Zagorec je tada za sinovu otkupninu otmičarima platio 750.000 eura. Osim Petrača, koji je u odsutnosti osuđen na šest godina zatvora jer je bio u bijegu, osuđen je i njegov sin Novica na tri i pol godine zatvora zbog sudjelovanja u otmici.
Nakon što su ga osumnjičili da je sudjelovao u otmici sina generala Vladimira Zagorca "službeni" je Petračev put potrajao pune dvije i pol godine, a uključivao je niz zemalja. Prema obavještajnim podacima, putovao je po Izraelu, Turskoj i Grčkoj, a kada se brodom uputio prema Italiji, odakle se, kako je poslije rekao, namjeravao vratiti u Hrvatsku, s prijateljima Stjepanom Juričkom i Stjepanom Hucikom uhitili su ga grčki policajci temeljem međunarodne tjeralice zagrebačkog Županijskog suda. Po uhićenju tadašnjeg premijera Ivu Sanadera nazvao je "Smradanerom" i poručio mu da je počinio političko samoubojstvo. Na novinarsko pitanje zašto, odgovorio je: “Znat će on!”. Kasnije je putem odvjetnika pojasnio da je to rekao jer je sebe i sina smatrao političkim zatvorenicima, da je izraz “Smradaner” koristio kako bi opisao karakter Ive Sanadera. Bilo mu je smiješno i što je izraz “političko samoubojstvo” shvaćen kao prijetnja.
Zbog otmice sina Vladimira Zagorca i iznude novomarofskoga poduzetnika Miroslava Matkuna pravomoćno je bio osuđen na 7 i pol godina zatvora. Tijekom ponovljenog suđenja optužio je generala Zagorca za krađu dijamanata iz Ministarstva obrane zbog čega je general osuđen na sedam godina zatvora. Zagorec je 2016. godine pokrenuo ovrhu nad nekretninama u vlasništvu Hrvoja Petrača jer mu nije isplatio naknadu štete za otkupninu. Zagorec je Petraču ovršio obiteljsku stambenu zgradu u Grškovićevoj ulici 21 čija je površina ukupno 920 kvadrata.
Još dok je bio na uvjetnoj, Petrač je odletio u Azerbajdžan, a potom obnovio stare poslovne veze s Izraelcima, s kojima je surađivao na uvozu oružja tijekom Domovinskog rata i gdje je provodio vrijeme dok je bio nedostupan hrvatskim vlastima. Petrač, neslužbeno je doznao Investigativni tim Expressa prije četiri godine, radi sa starim poslovnim partnerom ,ruskim Židovom koji živi u Izraelu.
