U turbulentnim godinama nakon pada Berlinskog zida, dok se stvarao novi svjetski poredak, iz Moskve je stigla ideja koja je mogla iz temelja promijeniti geopolitičku kartu svijeta. Već 1991. godine, ruski predsjednik Boris Jeljcin proglasio je članstvo u NATO-u "dugoročnim političkim ciljem" svoje zemlje. Bivše zemlje Varšavskog pakta iznijele su istu tvrdnju, a ruski ministar vanjskih poslova Andrej Kozirjev zatražio je od američke administracije da se prema Rusiji odnosi na isti način na koji se odnosi prema drugim "novim demokracijama". U Moskvi se vjerovalo da je od pregovora o ujedinjenju Njemačke 1990. godine postojao "osnovni dogovor" - Rusija će se odreći hegemonije nad Istočnom Europom, a zauzvrat će je Zapad priznati kao ravnopravnog političkog i vojnog partnera.

Administracija američkog predsjednika Billa Clintona bila je neočekivano otvorena za tu mogućnost. Clintonov bliski suradnik i stručnjak za Rusiju, Strobe Talbott, čak je pred NATO veleposlanicima iznio ideju da bi proces ruskog pristupanja mogao započeti oko 2004. godine. Taj bi potez stvorio vojni savez od San Francisca do Vladivostoka.

Međutim, ta vizija naišla je na prepreku u Europi, a najveća prepreka bio je upravo Helmut Kohl. Prema tajnim dokumentima iz 1990-ih koje je objavio njemački list Der Spiegel, Kohlova vlada bila je odlučno protiv ruskog članstva. Njemački dužnosnici strahovali su da bi prijem goleme i nestabilne Rusije paralizirao proces donošenja odluka unutar Saveza. Glavni prigovor bio je geostrateške prirode - ako bi Rusija ušla u sukob s Kinom, njemački vojnici bi, prema članku 5. o kolektivnoj obrani, morali braniti ruske granice na Dalekom istoku. To je bilo nezamislivo.

Kako Der Spiegel primjećuje, desetljeće kasnije njemačka kancelarka Angela Merkel iznijela je sličan prigovor na prijem Ukrajine u NATO - samo što je Rusija već bila na mjestu Kine. A budući da se odluke o prijemu novih članica u NATO donose samo jednoglasno, ni Rusija ni Ukrajina na kraju nisu primljene u savez. 

Kohlova strategija bila je suptilna, ali učinkovita - javno se izbjegavalo izravno odbijanje kako se ne bi narušili odnosi s Moskvom, dok se iza kulisa radilo na sprječavanju bilo kakvog stvarnog napretka. Kada je Kozirjev, vatreni zagovornik integracije Rusije u zapadne strukture, izravno pitao svog njemačkog kolegu Klausa Kinkela u čemu je problem, on je odgovorio da NATO "trenutačno nije spreman za ulazak Rusije", ali nije iznio nikakve konstruktivne razloge.

Dok je Clinton s Jeljcinom razvijao osobni odnos, a Kohl njegovao "Männerfreundschaft" (muško prijateljstvo), pa čak i poznato "prijateljstvo iz saune" na obalama Bajkalskog jezera, pitanje članstva vješto se guralo pod tepih. Kohl je u razgovorima s Jeljcinom tu temu jednostavno izbjegavao, a ruski predsjednik, uvjeren u američku podršku, nije inzistirao. Umjesto integracije Rusije, započeo je proces širenja NATO-a na istok, primanjem bivših članica Varšavskog pakta, što je u Moskvi stvorilo trajan osjećaj izdaje i izigranih obećanja o neširenju Saveza. Andrej Kozirev u svojim memoarima iz 2019. piše da je pitanje članstva Rusije u NATO-u devedesetih za njega bilo "lakmus test" koji bi pokazao je li NATO obrambeni savez slobodnog svijeta ili antiruski blok. Način na koji je organizirano širenje NATO-a uvjerio ga je da je druga opcija bila prava istina.

Dok je na međunarodnoj sceni bio div, Kohlova moć kod kuće počela se urušavati nakon poraza na izborima 1998. godine. Ubrzo je izbila afera koja mu je trajno narušila ugled - skandal s tajnim donacijama njegovoj stranci, Kršćansko-demokratskoj uniji (CDU). Otkriveno je da je stranka tijekom njegovog vodstva primala ilegalne donacije preko tajnih računa. Kada je pozvan da otkrije imena donatora, Kohl je to odbio, pozivajući se na "danu riječ časti". Taj čin, koji je on vidio kao pitanje osobnog integriteta, javnost je doživjela kao aroganciju i nepoštivanje zakona. Skandal ga je prisilio na povlačenje s mjesta počasnog predsjednika CDU-a i doveo do otuđenja od stranke kojoj je posvetio život. Posebno ga je pogodio stav njegove nekadašnje štićenice Angele Merkel, koja se u jeku afere javno distancirala od svog mentora, što Kohl nikada nije oprostio. U kasnijim godinama, u neautoriziranoj biografiji objavljenoj na temelju povjerljivih razgovora, zabilježene su njegove gorke opaske na njezin račun.

​- Gospođa Merkel nije znala ni pravilno držati vilicu i nož. Vrzmala se okolo na državničkim večerama pa sam je morao opetovano pozivati na red - glasila je jedna od objavljenih izjava.

Posljednje desetljeće Kohlova života bilo je obilježeno teškom bolešću nakon pada 2008. godine, zbog kojeg je ostao u invalidskim kolicima i jedva je govorio. No, fizičku patnju zasjenili su duboki obiteljski raskoli koji su isplivali u javnost. Njegovi sinovi, Walter i Peter, optužili su njegovu drugu suprugu, Maike Kohl-Richter, 34 godine mlađu bivšu suradnicu, da ga je potpuno izolirala od vanjskog svijeta. Tvrdili su da ga drži "poput zatvorenika", kontrolirajući sve njegove kontakte i stvarajući zid između njega, njegovih sinova, unuka i starih prijatelja. Obiteljski sukob eskalirao je nakon njegove smrti. Sinovi su kritizirali planove za sprovod, nazivajući ih "nedostojnima" njegovog nasljeđa. Posebno su se protivili odluci da ne bude pokopan u obiteljskoj grobnici u Ludwigshafenu, pored svoje prve supruge Hannelore, koja je nakon duge i teške bolesti počinila samoubojstvo 2001. godine. Umjesto toga, pokopan je u Speyeru.