Palestinski teroristi iz skupine ''Crni rujan'' iskoristili su šlampavost organizatora i bez problema su upali u Olimpijsko selo. U 4.10 sati 5. rujna 1972. godine njih osam prebacilo se preko ograde kod vratnica 25 A i upalo u prostorije u kojima su bili smješteni izraelski sportaši i njihovi treneri. Oni su vratili iz izlaska u kojem su gledali mjuzikl ''Guslač na krovu'' i željeli su poći na počinak. Teroristi su bili naoružani tokarevima, kalašnjikovima i bombama tako da nisu imali većih problema savladati izraelske sportaše koji nisu zaključali vrata svojih prostorija u Olimpijskom selu.
Jedanaest taoca koje su teroristi oteli bili su: David Mark Berger, Ze'ev Friedman, Yossef Gutfreund, Eliezer Halfin, Josef Romano, André Spitzer, Amitzur Schapira, Kehat Shorr, Mark Slavin, Yakov Springer i Mosche Weinberg. Hrvač Josef Roman i njegov trener Moshe Weinberg pokušali su napasti napadače, no ovi su ih ranili. Weinberg je kasnije pokušao pobjeći no teroristi su ga ustrijelili. Romano je pak umro dva sata poslije ranjavanja pošto teroristi nisu dopustili pristup liječnicima. Teroristi su zahtijevali da se do 9 sati puste 232 Palestinca, koje su izraelske vlasti držale u svojim zatvorima kao i puštanje njemačkih terorista Andreasa Baadera i Ulrike Meinhof, pripadnika Frakcije Crvene armije, kao i japanskog teroriste Koze Okamote. Izraelska vlada kojoj je na čelu bila premijerka Golda Meir odbija ultimatum.
Gradonačelnik Olimpijskog sela Walther Tröger, predsjednik njemačkog Olimpijskog športskog saveza Willi Daume, načelnik policije Manfred Schreiber, šef osiguranja XX. Olimpijskih igara, bavarski ministar unutarnjih poslova Bruno Merk i tadašnji njemački ministar unutarnjih poslova Hans-Dietrich Genscher nudili se se u zamjenu za izraelske taoce, ali teroristi to nisu prihvatili. Krenuli su višesatni pregovori. Brandt je odbio dolazak Mossada i pokušao je prevarom te policijskom intervencijom izvući teroriste van zgrade.
Neuspješna klopka
Teroristi su zahtijevali da im se omogući let do Kaira na što njemački pregovarači pristali. Dva helikoptera pebacili su teroriste i taoce do zračne luke Fürstenfeldbruck gdje ih je čekao Boeing 727 s uključenim motorima i rezervoarima punim goriva. Njemačka policija je umjesto pilota u avion postavila svoje ljude i činilo se da je trik uspio jer su na ponudu Palestinci pristali, međutim, sve je pošlo po zlu kad su Nijemci shvatili da je otmičara osam, a ne tri kako su isprva mislili. Konačni epilog nakon pucnjave i kaosa koji je uslijedio: devet ubijenih Izraelaca, pet mrtvih Palestinaca i jedan njemački policajac. S dvojicom iz Olimpijskog sela ukupno 11 pobijenih sportaša te sveukupno 17 poginulih.
Ot
Lufthansin Boeing 727 koji je letio iz Bejruta u Frankfurt otela su trojica 29. listopada 1972. godine kada se nalazio nekoliko milja ispred Istanbula. Naredili su pilotu da skrene u Zagreb. Zahtijevali su oslobađanje trojice preživjelih počinitelja masakra. Punih jedanaest sati, od 8.30 do 19 sati, kružili su nad gradom u otetom zrakoplovu s 135 putnika i sedam članova posade. Teroristi su pušteni uz odobrenje predsjednika tadašnje SR Njemačke dr. Gustava Heinemanna te su specijalnim zrakoplovom prebačeni u Zagreb, gdje su se pridružili otmičarima Lufthansina zrakoplova. Iz zagrebačke zračne luke svi su odletjeli su u Tripoli u Libiju, gdje su svi taoci naposlijetku pušteni.
Unatoč otmice i krvavog masakra Olimpijske igre nastavljene su kao da se ništa nije dogodilo. Tek na brojnih protesta drugih sudionika i posjetitelja Olimpijske igre bile su prekinute na pola dana. Sljedećeg dana 6. rujna na Olimpijskom stadionu održana je komemoracija poginulim sportašima na kojoj je prisustvovalo oko 80.000 posjetitelja i 3000 sudionika Igara. Igre su trebale biti nastavljene nogometnom utakmicom između Zapadne Njemačke i Mađarske. Kada je nekoliko posjetitelja podiglo transparent na kojem je pisalo "17 dead, already forgotten?" redari su ih udaljili sa stadiona. Olimpijska zastava i sve ostale zastave bile su spuštene na pola koplja na zahtjev kancelara Willyja Brandta. Deset arapskih nacija usprotivilo se takvom činu tako da su skoro istovremeno vraćene u početno stanje. Ostali članovi izraelske delegacije napustili su Njemačku istog dana praćeni jakim snagama osiguranja. Mark Spitz, plivač SAD-a koji je bio židovskog podrijetla napustio je Igre tijekom otmice bojeći se da bi mogao biti sljedeća meta. Do tada je već završio sve svoje nastupe. Egipatski tim je napustio Igre dan poslije bojeći se odmazde.
U sljedećih 20 godina pripadnici Mossada likvidirali su dvojicu od trojice Palestinaca koji su preživjeli München i najmanje još 12 Palestinaca za koje se smatralo da su sudjelovali u planiranju akcije u Münchenu: Wael Zuaitir, predstavnik PLO-a u Italiji likvidiran je 16. listopada. Muhammad Hamschiri predstavnik PLO-a u Parizu poginuo je od eksplozivne naprave na daljinsko upravljanje. Još nekoliko osumnjičenih terorista je likvidirano na Cipru, te u Grčkoj i Parizu. Izraelski komandosi su 10. travnja 1973. godine izveli akciju i u Bejrutu tijekom koje su likvidirali: Abu Yusufa (navodnog zamjenika Yassera Arafata i vođu terorista), Kamala Adwana (navodnog Fatah zapovjednika) i glasnogovornika PLO-a Kamala Nasira.
Mohammed Boudi, jedan od šefova terorističke grupe Crni rujan, poginuo je u eksploziji autobombe 28. lipnja 1973. godine u Parizu. Mossad je greškom likvidirao marokanskog konobara Ahmeda Bouchikija u Lillehammeru misleći da se radi o Ali Hasan Salamehu, šefu Arafatove operacionalne grupe "Force 17" i članu "Crnog rujna". Norveška policija je uhitila pet Mossadovih agenata, od kojih su dva bile žene. Osudili su ih na zatvorske kazne, ali su 1975. godine svi pomilovani i poslani u Izrael. Salameh je pak poginuo u Bejrutu 22. siječnja 1979. godine od eksplozije autobombe detonirane na daljinsko upravljanje dok je Atif Bseisu, sudionik u planiranju Münchenskog masakra ustrijeljen u Parizu 8. lipnja 1992. godine. Mohammed Daoud Oudeh (Abu Daoud) koji je sudjelovao u planiranju otmice, umro je 3. srpnja 2010. godine u Damasku. On je tvrdio da su novac za akciju dobili od sadašnjeg palestinskog predsjednika Mahmud Abbasa, što je kasnije opovrgao.
Mosadovoj osveti zasad je izmakao samo Jamal Al-Gashey. U intervjuu danom 1999. godine rekao je. " Ponosan sam na ono što sam učinio u Münchenu jer je to uvelike pomoglo palestinskoj stvari...prije Münchena svijet nije imao pojma o našoj borbi, ali tog dana se ime 'Palestina' ponavljalo po cijelom svijetu".
I hrvatski sportaši svjedočili tragediji
- Morate znati da tada Selo nije ni približno bilo tako osiguravano kao na svim kasnijim Igrama - rekao je prije nekoliko godina za Sportske novosti Ozren Bonačić, tadašnji vaterpolski reprezentativac.
- Kada smo čuli da se nešto događa. čak smo iz znatiželje došli na valjda 50 metara od zgrade. I nismo bili jedini. Sve nam je to bilo zanimljivo, nismo osjećali nikakvu paniku, jer nismo shvaćali što se zapravo zbiva, a i ta vrsta terorizma bila je za nas novost, tako da se nismo mogli ni uplašiti. Kada je jedan od terorista izašao na prozor i zapucao u zrak, tek tada smo donekle bili svjesni opasnosti, pa smo se malo povukli, ali smo i dalje ostali ondje i gledali što se zbiva - ispričao je.
- Bili smo blizu izraelske kuće, uživo smo pratili što se događa. Dotad se u Selo moglo bez problema ući, bilo je puno rupa u ogradi koje su napravili sami sportaši, kad bi 'zaružili' pa su se noću vraćali. Tako da ni palestinskim teroristima nije bio problem doći do Izraelaca... Nakon toga je sve postalo mnogo strože i nestalo je one bezbrižnosti - prisjetio se svojedobno Ratko Rudić.