Njegova biografija dovoljna je za nekoliko špijunskih trilera iz pera Toma Clancyja ili Roberta Ludluma, a tamo negdje u ranim osamdesetima prvi je put zapeo za oko jugoslavenskoj miliciji. Naime, 1982. godine za njim je raspisana tjeralica zbog provale u splitski stan te krađe nešto nakita. Budući da je pobjegao prije uhićenja, tjeralica je bila na snazi sve do ranih devedesetih.
Šišnjak je hladnokrvno ustrijelio Tatara u jednom njemačkom kafiću, što je kasnije ispričao svojoj tadašnjoj djevojci. Rekao joj je čak i da mu je Vukušić naredio ubojstvo Tatara. Idućeg dana Šišnjak je uhićen, a uskoro je i Vukušić priveden. Šišnjak je pokušavao obraniti Vukušića govoreći da mu je jedan nepoznati muškarac rekao da ubije nesretnog Jusufa, ali njemačko pravosuđe to nije prihvatilo kao vjerodostojno svjedočenje.
Prema pisanju hrvatskih medija, Vukušić je odležao samo osam godina zatvora, a početkom devedesetih vratio se u Hrvatsku i s vremenom je postao agent Službe za zaštitu ustavnog poretka. Neko vrijeme je radio u Hrvatskom saboru kao tajnik Komisije za utvrđivanje ratnih i poratnih zločina.
Upravo zbog toga je prije dvije godine svjedočio na suđenju Josipu Perkoviću i Zdravku Mustaču. Kao tajnik saborske komisije imao je uvid u goleme arhive o radu tajnih komunističkih službi, pa su ga u München pozvali kao stručnjaka.
Zašto je Vukušić pušten iz njemačkog zatvora nakon odsluženih samo osam godina zatvora nikad nije potpuno razjašnjeno, a dodatnu zanimljivost spomenuo je Jutarnji list prije nekoliko godina. Bože Vukušić oslobođen je služenja zatvorske kazne, ali ne i optužbi za ubojstvo Jusufa Tatara.
U Hrvatskoj je 1994. godine Vukušić osumnjičen za paljenje jednog automobila, a 2001. godine optužen je za otmicu Blagoja Zelića, bivšeg djelatnika Udbe, početkom Domovinskog rata. Nakon desetljeća nerada hrvatskog pravosuđa postupak je pao u zastaru, isto kao i postupak za spaljivanje automobila Milana Eljuge.
Gotovo otkako je preuzeo upravljanje Počasnim bleiburškim vodom, prate ga optužbe da pokušava komercijalizirati Bleiburg i tragediju Križnog puta zarobljenih vojnika i civila. Njega ništa nije pokolebalo i nastavio je suvereno upravljati Počasnim bleiburškim vodom.
Ovih dana njih dvojica našli su se na suprotstavljenim stranama, a teške optužbe pljušte na sve strane. S jedne strane imamo Leljaka, koji kaže da je Vukušić medijima dao njegov dosje. Kad smo od Vukušića pokušali dobiti komentar na optužbe da je upravo on dao novinarima Leljakov dosje, a Leljak je dao i točno vrijeme kad je Bože navodno predao informacije medijima, Vukušić nas je samo uputio na svoje priopćenje koje je objavljeno na jednom desno orijentiranom portalu.
"Tvrdnja Romana Leljaka da sam ja u utorak, 7. veljače o.g., u 18.00 sati, nekom novinaru Jutarnjeg lista predao dokumentaciju o njemu, ne samo da je iz navedenih razloga nelogična i netočna – nego je i podla glupa izmišljotina. Tog dana, upravo u 18.00 sati bila je zakazana sveta misa zadušnica za hrvatskog domoljuba, pukovnika HV-a Nediljka Vegara, inače moga prijatelja i suborca još iz emigrantskih dana, u kapelici Hrvatskog katoličkog sveučilišta u Zagrebu", napisao je u svom priopćenju Vukušić.
