Četvrti mandat
Na prvim izravnim izborima za zagrebačkog gradonačelnika Bandić je u svibnju 2009. u drugom krugu uvjerljivo pobijedio Josipa Kregara. A onda mu vrag nije dao mira pa se kandidirao i na predsjedničkim izborima krajem godine, što ga je trenutno koštalo članstva u SDP-u. I nije postao „gradonačelnik Hrvatske“. Ali se nakon nekog vremena baš za tu njegovu predsjedničku kampanju zakačila istraga je li bilo izvlačenja novca iz Holdinga. Te iste godine Bandić je doživio i aferu „zlatni zahodi“.
Dva montažna WC-a na autobusnom stajalištu u Dubravi grad je platio 1,55 milijuna kuna, a radove je izvodila tvrtka Tigra, koje je vlasnik Bandićev kum Milan Penava. Godinu dana prije u Poglavarstvu su tvrdili da će izgradnja WC-a stajati oko 100.000 kuna. Izgradnja nadstrešnica na autobusnim i tramvajskim stajalištima u gradu Zagrebu također je afera vezana uz Milana Bandića. Nadstrešnice su se gradile od travnja 2009. do svibnja 2010. godine. U akciju je krenuo USKOK i istraživao 600 nadstrešnica na tramvajskim i autobusnim stajalištima u Zagrebu, pri čemu je cijeli posao preplaćen za 20 milijuna kuna.
Natjecao na parlamentarnim izborima 2011. sa svojom nezavisnom listom. Doživio je debakl u sve četiri izborne jedinice gdje se natjecao. Afera „Fontane“ izbila je vrlo brzo nakon gradnje prvih iz 2012. po cijeni od 25 milijuna kuna. 2015., kada je Bandić najavljivao nastavak projekta, Grad je vodila njegova zamjenica Sandra Švaljek koja je fontane izbacila iz proračuna.
No, sljedeće godine Bandić je opet sve preokrenuo i grad je krenuo u posao od još 30 milijuna kuna. DORH je krenuo u istagu, sumnjalo se da je natječaj za posao vrijedan 18,4 milijuna kuna tako sročen da ga dobije određena tvrtke, Mešić.com, te da se novac izvlačio.
Na lokalnim izborima 2013. do nogu je potukao svoje bivše kolege iz SDP-a i opet je izabran za gradonačelnika. Iste godine Grad Zagreb, pod sumnjivim okolnostima, prodaje Zagrebačkoj nadbiskupiji zemljište u Strojarskoj ulici za 737 tisuća kuna. Do zemljišta je Bandić došao izbrisavši iz vlasništva aktivni nogometni klub i njegove terene koji se na zemljištu nalaze
Bandić je uhićen 19. listopada 2014. godine nakon višemjesečnog složenog kriminalističkog istraživanja vezanog za nezakonita postupanja u Gradu Zagrebu i Zagrebačkom holdingu d.o.o. A danas, optužnica protiv Milana Bandića i ostalih u aferi Agram ni nakon više od tri godine nakon podizanja nije pravomoćna.
Zagrebački Županijski sud o optužbama Uskoka teškim 25 milijuna kuna potvrdio je sedam od deset točaka optužnice protiv Bandića i njegovih suoptuženika u slučaju Agram, a tri ih je vratio tužiteljstvu na doradu. Inače, one nedjelje iz 2014. kada je Bandić završio u Remetincu, Marijan Hanžeković stao je za njega skupljati 15 milijuna kuna jamčevine.
Bandić je u studenome te godine pušten uz jamčevinu, da bi u istražni zatvor bio vraćen u ožujku 2015. jer je istraga protiv njega bila proširena nakon što je Vida Demarin, kao predsjednica upravnog vijeća Zagrebačke zaklade za pomoć osobama oboljelim od cerebrovaskularnih bolesti, istražiteljima ispričala da ju je Bandić u dva navrata nagovarao da promijeni iskaz i potpiše dokument neistinita sadržaja. Naknadno mu je sud ipak vratio novac jamčevine
U listopadu 2016. Express je povodom zapošljavanja bivše hrvatske Miss Universe Sare Ivanković bez natječaja u direkciji Holdinga, a ubrzo i u ZET-u, napisao poduži popis uhljebljivanja potomaka palić moćnika u gradskim tvrtkama. Razlog za bivšu misicu, pisao je Express, navodno je prijateljstvo čelnice Zagrebačkog holdinga Ane Stojić Deban s njezinim suprugom, kao i taj što je otac pretrčao iz HSP-a AS u Bandićevu stranku.
Peti mandat
Svibanjski izbori 2017. bili su najteži za Bandića, iako je i ovaj put pobijedio. Prije prethodnih izbora, unatoč desecima otvorenih afera na koje su upozoravali mediji, a prijave poslane u DORH i Uskok, ništa nije pokrenuto. Ovaj put sve je bilo drugačije, a pojedinci iz uprave koji su šutjeli više to ne žele. Moć mu je očito blijedila, ljudi su progovarali, tako i, primjerice, zamjenica pročelnika za zaštitu spomenika i prirode Zrinka Paladino o pogodovanju za Tomislava Horvatinčića na Cvjetnom trgu. Progovorilo se o fontanama, o GUP-u, već tada se spominjalo da je šteta po grad uslijed samo jedne zamjene zemljišta bila 152 milijuna kuna.
Prije dva mjeseca USKOK je podigao optužnicu za majku svih afera u Gradu Zagrebu, odnosno za aferu Pročišćivač. Pred Županijskim sudom u Zagrebu podignuta je tako optužnica protiv Ante Pavića, direktora tvrtke Zagrebačke otpadne vode, Darka Turopoljca, vlasnika tvrtke Dija graditeljstvo Damira Vuljanka, te Hannesa Schweitzera. Istraga se spominjala još 2011. godine, većina ih je uhićena početkom 2016. godine, a sada je stigla optužnica. Aferu je Zelena akcija isticala više od 10 godina, te je tražila odgovornost Milana Bandića i Marine Matulović Dropulić.
Posljednja u nizu afera je ona sa 62 putovanja Bandića u Rim tijekom pet godina. Sve na račun Grada Zagreba. Riječ je o još jednoj velikoj hrpi novca. Gradonačelnik je, inače, u ovih 18 godina službeno putovao u ove gradove:
Ankaru, Berlin, Mainz, Beč, Lisabon, Moskvu, Pečuh, Ljubljanu, Budimpeštu, Bruxelles, Milano, Rim, Sarajevo, Peking, Šangaj, Sankt Peterburg, Sofiju, Skopje, Varšavu, Astanu, Tiranu, Sarajevo, Prištinu, Amsterdam, Pariz, New York, Washington, Los Angeles, Las Vegas, Beograd, Podgoricu, Trst, Prag, Portorož, Suboticu, Tavankut, San Francisco, Toronto, Pittsburg, Bratislavu, Banja Luku, Srebrenicu, Prnjavor, London, Mostar, Salzburg, Maribor
Sukladno članku 94. Zakona o elektroničkim medijima, komentiranje članaka na web portalu Express.hr dopušteno je samo registriranim korisnicima. Svaki korisnik koji želi komentirati članke obvezan je prethodno se upoznati s Pravilima komentiranja na web portalu Express.hr te sa zabranama propisanim stavkom 2. članka 94. Zakona.
U nekoj od uređenih zemalja nakon tih afera nebi mogao naći posao ni kao čistač svojh milijunskih WCa