U 5.30 sati 18. rujna 1946. policajci su ušli u zgradu biskupije i priveli Alozija Stepinca dok se spremao za misu.
Stepinca su optužili da je pozdravio ustaške vođe dok se jugoslavenska vojska još borila s njemačkim i talijanskim snagama te da je pozvao svećenstvo da s njima surađuje.
U optužnici je također pisalo da je pretvorio tradicionalne crkvene svečanosti i procesije u političke manifestacije za Antu Pavelića i služio misu svakog 10. travnja, na godišnjicu osnivanja NDH, ali i da je održao misu na otvaranju ustaškog Sabora. Osim toga optužili su ga i za prekrštavanje Srba u Hrvatskoj.
Nekoliko mjeseci prije uhićenja do Vatikana je stiglo upozorenje da će Stepinca uhititi.
Obavijestili su ga o tome rekavši mu neka sam odluči o tome što će učiniti, ali ga Vatikan neće prisiljavati da napusti Jugoslaviju.
Stepinac je ostao u zemlji, a prije samog početka suđenja doveden je pred glavnog sudca Žarka Vimpulšeka, kojemu je blaženik spasio život kad je bio uhićen zbog pomaganja komunistima u Hrvatskoj.
Sudac je tada nadbiskupu rekao da može izabrati odvjetnika, a Alojzije Stepinac mu je odgovorio:
“Pred sudom koji imade zadaću da izvrši nalog stanovite organizacije ja se neću braniti. Strijeljajte me! Postavite mi pred vrata vješala, ali odgovarati vam neću!”
Sud je tako Stepincu “po službenoj dužnosti” dao branitelje. Presuda je donesena iznimno brzo već 11. listopada.
Proglašen je krivim po svim točkama optužnice i osuđen na 16 godina strogog zatvora.
Unatoč inzistiranjima poznatih osoba srpske nacionalnosti na svjedočenju na suđenju, koje bi bilo Stepincu u korist, tužitelji nisu dopustili da takvi podaci izađu u javnost.
Ono što je tada odjeknulo među vjernicima u Hrvatskoj je Stepinčev govor koji je održao osam dana prije donešenja presude, 3 listopada.
"Na sve tužbe koje su ovdje protiv mene iznesene odgovaram da je moja savjest mirna, makar se publika tome smijala. Sada se ne kanim braniti niti apelirati protiv osude. Ja sam za svoje uvjerenje sposoban podnijeti ne samo ismjehivanje, prezir i poniženje nego - jer mi je savjest čista - pripravan sam svaki čas i umrijeti. A što se tiče mene i moga suđenja, ja ne trebam milost, jer savjest mi je mirna", rekao je, među ostalim, tijekom 38-minutnog govora sudu Alojzije Stepinac.
1. Blaženik nije htio branitelje, ali je zato održao impresivan govor
2. Sudu je poručio da ne treba milost jer mu je savjest mirna
3. Osim Stepincu, sudilo se još osamnaestorici osumnjičenika, među kojima su bili Erih Lisak, časnik u NDH, svećenici, ali i vlč. Ivan Šalić, tajnik nadbiskupa Stepinca. Zbog teških mučenja većina njih, osim Lisaka, okrivila je Stepinca.
