U tom trenutku do izražaja dolaze i elementi progresivnog rocka te bendova poput King Crimsona, Pink Floyda i Genesisa. Te su progresivne elemente ukomponirali u vrlo pravocrtno polje metala, a pod producentom Davidom Bottrillom, koji je nekoć producirao i albume King Crimsona, njihova glazba postaje moderna fuzija prog-rocka sedamdesetih i modernog metala.
"Naša glazba nije samo nešto na što tapkaš nogom, ona je interaktivan proces između nas koji je stvaramo i ljudi koji je slušaju. Naša se glazba sluša umjetničkim uhom, našu publiku čine umjetnici", izjavit će Keenan u jednom intervjuu.
"AEnima" možda, slažu se kritičari, i nije njihov najbolji album, ali pokazuje svu širinu njihove sposobnosti eksperimentiranja, svu mogućnost izlaska iz žanrovskih, čvrsto zadanih, ali i fiktivnih odrednica. Prijelazom od agresivnih, trominutnih pjesama prema složenim glazbenim kompozicijama stvaraju i novi osjećaj atmosfere. Prikazuje se i njihov kolektivni smisao za humor pa tekst pjesme "Die Eier von Satan" (Sotonina jaja), ispostavlja se, nije ništa drugo do recept za kolačiće.
S druge strane, u nekim pjesmama do izražaja dolazi snažno naslanjanje na Jungove psihološke koncepte, ali i na ideje Druvala Melchizedeka, alternativnog proroka koji, između ostalog, vjeruje kako će sljedeći korak u ljudskoj evoluciji dovesti do reorganizacije našeg DNK porastom broja kromosoma, što je i nadahnulo pjesmu "Forty Six and 2".
Takva vjerovanja, zapravo, dolaze od bubnjara Dannyja Careyja, kojeg mnogi sljedbenici i vide kao Toolov kreativni zamašnjak. Carey je, naime, osim kao vrstan glazbenik, koji se još tijekom studija iskazao svirajem jazza u lokalnim bendovima, poznat i kao neslužbeni sljedbenik mnogih okultnih praksi, sakupljač prvih izdanja knjiga Aleistera Crowleyja, te kao izumitelj mnogih bubnjarskih tehnika, među ostalima i one jednopoteznog heksagrama što, vjeruju obožavatelji, a kritičari se slažu, doprinosi Toolovu jedinstvenom zvuku.
Sva ta kreativnost, međutim, našla se na kušnji 1998. i 2000., nakon sudskih bitaka koje je bend vodio, prvo s bivšom diskografskom kućom, a potom i s bivšim menadžerom. U tom trenutku nastaje Maynardov projekt "A Perfect Circle" pokrenut u suradnji s Billyjem Howerdelom. Nije to, reći će kasnije, bio projekt pokrenut iz želje za novcem, nego iz potrebe za stvaranjem, za izražavanjem. U tom mu je trenutku bilo zakonskim putem onemogućeno te stvari izreći s Toolom pa se okrenuo jedinom logičnom rješenju - rekao ih je na drugome mjestu, kroz drugi zvuk.
Krajem 2000. Tool se ponovno okuplja. Proživljeni stres ostavlja posljedice na njegove članove, no ponovno istraživanje i iskušavanje granica dovodi do novog epskog albuma. "Lateralus", tek dvije sekunde kraći od maksimalne duljine trajanja zapisa na CD-u, izlazi u svibnju 2001. i odmah se smješta na prvo mjesto top-lista pretvarajući bend u ambasadora umjetničkog prog-rocka. Ovim albumom, slažu se i kritika i publika, pokazali su što doista mogu. Mnogo je tu eksperimentiranja, a progresivna se strana njihova izričaja ovim albumom našla u prvom planu. Album, na prvu, možda i nije tako slušljiv kao prva dva, ali Tool je njime prvi put slušatelje odveo na glazbeno putovanje.
Jedna od najznačajnijih stvari na "Lateralusu" svakako je i omot albuma kojim odlaze u nadogradnju svojeg vizualnog identiteta. Najzaslužniji za osmišljavanje koncepta prozračnog rukava koji sadrži razne slojeve ljudskog tijela je slikar Alex Grey koji se, u posljednjoj minuti videospota za pjesmu "Parabola", okušao i kao redatelj, čime se Toolov vizualni identitet u potpunosti razvio pa su njihovi spotovi, ne stoga što bi svi bili isti, nego zbog posebnog prevladavajućeg ozračja, mogu prepoznati i bez zvuka.
Suradnju s Greyom nastavljaju radeći na vizualnom identitetu četvrtog, zasad posljednjeg, studijskog albuma "10 000 days", objavljenog u svibnju 2006. i u prvom tjednu prodanog u više od pola milijuna primjeraka. Ovim albumom, očito je, kreativnost benda ponovno se našla na vrhuncu, kao i pozitivna zbunjenost mnogih fanova. Malo je tko tad mogao razumjeti kreativne procese koji su doveli do stvaranja novog materijala, možda manje slušljivog, ali svakako više na tragu rock albuma od "Lateralusa".
Premda nije epski pothvat poput svojeg prethodnika, "10 000 days" nailazi na kritičko i slušateljsko odobravanje jer u Toolovoj glazbi, složit će se i jedni i drugi, uvijek je prisutna iskrena emocija. Ponovna suradnja s Alexom Greyem na vizualnom identitetu jasno ocrtava i viziju koju bend ima za taj dio svojega postojanja te pokazuje kako vizualno gotovo izjednačava s glazbenim u konstrukciji vlastitog identiteta.
Što dakle, možemo očekivati danas, 13 godina nakon "10 000 days"? Imajući na umu kako se radi o bendu koji, prema riječima Adama Jonesa, nikad ne radi u studiju, ali neprekidno stvara, obožavatelji se mogu nadati novom glazbenom putovanju na koje će s radošću krenuti.
Kritičari možda zirkaju u neki novi glazbeni potpravac. Obični slušatelji? Iskustvu koje, kako je Maynard James Keenan jednom izjavio, započinje i završava glazbom i glazbu stavlja u prvi plan. Jer riječi odvlače pozornost i povlače od same biti stvaranja umjetnosti. Njezina osjećanja.
