Iz kombija, a u blizini iskopane jame, Ivana Stambolića su 25. kolovoza 2000. godine na Fruškoj Gori izveli Dušan Maričić-Gumar i Nenad Bujošević - Rambo. Gumar ga je uhvatio za lijevu, a Rambo za desnu ruku i dovukli metar do rupe. Gumar i Rambo su naredili Stamboliću, kojem su ruke bile vezane lisicama "Klekni!" i on ih je poslušao. Međutim nitko nije htio uzeti pištolj. Pet minuta su se nijemo gledali. Sve vrijeme Stambolić je mirno klečao, ruku vezanih iza leđ i s ljepljivim trakama na ustima i očima - opisao je jedan od, godinama kasnije, optuženih Stambolićevo ubojstvo.
- Onda je Berček uzeo pištolj i repetirao ga. Prišao je Stamboliću i gotovo prislonio "Berettu" uz njegovu glavu. Okrenuo sam se, nisam mogao to gledati. Čuo sam jedan., a djelić sekunde kasnije i drugi pucanj. Stambolić nije pao u jamu, već pored nje. Pritrčao je Škene i skinuo mu lisice s ruku. Gumar i Rambo su ga spustili u pripremljenu raku. Prethodnu su u nju stavili dio kreča, a ostatak preko žrtve. Krenulo je zatrpavanje i uklanjanje krvavih tragova. Radilo se na "smjenu". Preostalu zemlju rasturili smo desetak metara dalje od jame. Preko nje prostrli smo otpalo lišće, stavili smo i neki stari, suhi panj, a zatim smo prosuli papar da životinje ne osjete miris- ispričao je jedan od sudionika ubojstva. Ubojice su nosile značke Jedinice za specijalne operacije (JSO), kojom je tada zapovijedao šef Državne bezbednosti Radimir Marković.
Potraga za Stambolićem trajala je tri godine, pa se čak i vjerovalo da je u tajnosti napustio zemlju. Nakon što su pronašli njegovo tijelo, potkraj ožujka 2003., provedena je detaljna istraga, a put je preko Jedinice za specijalne operacije i njihovog zapovjednika Milorada Ulemeka Legije, doveo do bivšeg predsjednika Srbije Slobodana Miloševića i njegove supruge Mire Marković. Ivan Stambolić uveo je Slobodana Miloševića u visoku politiku 1986. godine, pa postao predsjednik Predsjedništva SR Srbije iste godine.
Ivan Stambolić i Slobodan Milošević su počeli druženje dok su studirali na Pravnom fakultetu i odatle je krenuo njihov uspon. Najprije je Stambolić od 1982. do 1984. bio predsjednik Gradskog komiteta, a onda Milošević iduće dvije godine. Prije toga, po istom redoslijedu, vladali su beogradskim poduzećem „Tehnogas”. Nakon toga putevi su im se opet spojili kad je Stambolić postao predsjednik privredne komore Beograda, a Milošević direktor Beogradske udružene banke i opet naslijedio Stambolića u komori.
Stambolić je 1986. postao prvi čovjek Srbije i od tada tada počinje razilaženje s Miloševićem koji je 1987. na Kosovu održao povijesni govor i rečenicom 'Niko ne sme da vas bije' nagovijestio kojim putem će krenuti. Budući da se Stambolić zalagao za mirno rješenje kosovskog pitanja, krenuli su svatko svojim putem, tim više jer je Miloševićeva struja u tadašnjem Savezu komunista pobijedila. Dogodilo se to na 8. sjednici održanoj 23. i 24. rujna 1987. kad se ohrabren razvojem događaja, Milošević drznuo otvoreno pred kamerama kritizirati svog dosadašnjeg mentora i prijatelja. Od tog trenutka srpski komunisti priklanjaju se nacionalistima u Udruženju književnika Srbije i Srpskoj akademiji znanosti i umjetnosti, pisao je svojedobno Express. Mnogi se slažu da je upravo ta sjednica bila uvod u raspad Jugoslavije i uzrok krvavog rata koji je slijedio.
Kćer mu je poginula u sumnjivim okolnostima
Nakon smjene Stambolić se potpuno povukao iz javnog života a pola godine kasnije zadesila još jedna obiteljska tragedija. Pod sumnjivim okolnostima u travnju 1988. godine u prometnoj nesreći nedaleko Budve, poginula je njegova 24-godišnja kći Bojana. Idućih 13 godina Stambolić nije uopće sudjelovao ni u političkom ni u društvenom životu Srbije, sve do 2000. godine, kad je postalo jasno da se Miloševićeva era bliži kraju i da će vrlo vjerojatno izgubiti na izborima u rujnu. Na izborima za koje se spremao Stambolić i u čemu ga je, kao kandidata DOS-a, spriječilo svirepo ubojstvo, Miloševića je pobijedio Vojislav Koštunica. Milorad Ulemek Legija osuđen je 2007. godine na 40 godina zatvora. Kasnije je dobio još 15 za pokušaj ubojstva predsjednika Srpskog pokreta obnove Vuka Draškovića, a Jedinica za specijalne operacije je nakon toga, naredbom srpske Vlade, raspuštena.
Jedini kandidat koji je bio sušta suprotnost ratnom huškaču Miloševiću bio je upravo Stambolić. Međutim, samo mjesec dana prije izbora koji su se - igrom slučaja trebali održati baš 24. rujna, na 13. godišnjicu Osme sjednice SK, Stambolić je ubijen. Tog 25. kolovoza 2000. godine krenuo je, kao i obično na jogging Topčiderom, odjeven u sportsku odjeću. I to je bilo posljednji put kad su ga vidjeli. Stoga se iduće tri godine pričalo čak da je pobjegao u inozemstvo. Kasnije se pisalo da je nekoliko dana prije nestanka pored njegove kuće stalno obilazio bijeli kombi marke 'VW'. Stambolića su posljednji put vidjeli na platou ispred restorana 'Golf' na Košutnjaku gdje je zastao da predahne. Čuvar restorana rekao je da je primijetio kako je kraj njega polako prošao noviji bijeli 'VW'. Odmah nakon toga Stamboliću se izgubio svaki trag.
Prvi je o svemu ovome progovorio Nenad Šare, nekadašnji šef tjelohranitelja Milorada Ulemeka Legije, zapovjednika Jedinice za specijalne operacije. Šare je otkrio detalje otmice i likvidacije Ivana Stambolića i za to teretio upravo zapovjednika Legiju, bivšeg člana zloglasnih Arkanovih 'Tigrova', koji su tijekom rata djelovali i u istočnoj Slavoniji. Iz Šarinog iskaza saznalo se da su Stambolića strpali u kombi i odvezli ga na Frušku Goru. Tamo su ga natjerali da klekne pored jame koju su napunili sa živim vapnom i onda mu pucali u potiljak. Prema iskazu svjedoka, istražitelji su doista pronašli tri godine kasnije Stambolićeve posmrtne ostatke, a identificirali su ga i prema tenisicama koje su izvađene iz jame.
Osvetoljubiva Mira Marković
No, osim Slobodana Miloševića, mogući motiv za ubojstvo Stambolića imala je navodno i Mira Marković, Miloševićeva supruga. Ona je ostala bez majke Vere Miletić kad su joj bile dvije godine. Veru Miletić, uvjerenu komunistkinju, uhapsili su agenti Specijalne policije u jednom beogradskom stanu 1943. godine. Odvedena je u banjolučki logor i tamo je zvjerski mučena i ubijena, da bi nakon toga čak bila od vlastite partije optužena da je bila izdajica.
Naime, Vera je imala povjerljive dokumente koje nije uspjela sakriti prije no što su u iznajmljeni stan, u kojem ih je čuvala, banula policija. To joj partija nije mogla oprostiti, a na Petom kongresu KPJ 1948. Aleksandar Ranković je pročitao referat pod naslovom “Izvještaj o organizacionom radu CK KPJ”, u kojem je Veru Miletić spomenuo u kontekstu 'kukavičkog, izdajničkog i provokatorskog držanja pojedinaca", optuživši ju uz Ratka Mitrovića, Vasilija Buhu i Andriju Hebranga, da su "kapitulirali pred neprijateljem da bi spasili svoj kukavički život". Iako su se Vera Miletić i Petar Stambolić - stric ubijenog Ivana, jako dobro poznavali, Petar nije nikakvom gestom dao do znanja da se ne slaže s Rankovićevim ekspozeom i nije ni pokušao obraniti mučki ubijenu Veru. Mira je tim više bila ogorčena na Petra Stambolića jer je on trebao biti taj koji je trebao preuzeti dokumentaciju koju je imala Vera Miletić, ali je rečeno da nije mogao jer je bio ranjen. Stoga neki misle da je ubojstvo Ivana Stambolića bila zajednička osveta supružnika Milošević.
