Sve do početka ljeta 1991. godine, Ćelije su bile tek malo, mirno selo u istočnoj Slavoniji, smješteno u općini Trpinja. Prema popisu stanovništva iz te godine, u selu su živjela 164 stanovnika, od kojih se njih 149 izjasnilo Hrvatima. Ovaj demografski podatak pokazat će se ključnim za sudbinu sela, jer su Ćelije bile hrvatska enklava, okružena selima s većinskim srpskim stanovništvom poput Bobote, Silaša, Trpinje i Vere. Ta izoliranost, zajedno sa strateškim položajem na važnom opskrbnom pravcu između Osijeka i Vukovara - gradova oko kojih se sve snažnije stezao obruč JNA i pobunjenih Srba - zapečatila je sudbinu njegovih stanovnika.
Političke napetosti u Jugoslaviji dosezale su točku vrenja. Uspon Slobodana Miloševića i njegova nacionalistička retorika, koja je kulminirala govorom na Gazimestanu 1989. godine, stvorili su atmosferu straha i nepovjerenja. Milošević je shvatio da je nacionalizam njegov put do apsolutne moći u postkomunističkom dobu. U Hrvatskoj su prvi slobodni izbori 1990. godine donijeli pobjedu Hrvatskoj demokratskoj zajednici (HDZ) i Franji Tuđmanu, čiji je program veće suverenosti i konačne neovisnosti u beogradskim medijima i političkim krugovima lažno prikazivan kao oživljavanje "ustaške države". Propaganda je sustavno širila strah među hrvatskim Srbima, prikazujući ih kao žrtve nadolazećeg genocida.
U takvom okruženju, incidenti su postajali sve češći. U kolovozu 1990. započela je takozvana "balvan-revolucija", pobuna dijela srpskog stanovništva u okolici Knina, koja je bila izravno orkestrirana iz Beograda. JNA je, pod izlikom očuvanja Jugoslavije, sve otvorenije stajala na stranu pobunjenika, razoružavajući Teritorijalnu obranu Hrvatske i naoružavajući lokalne Srbe.
Za stanovnike Ćelija, situacija je postala neizdrživa nakon krvavog sukoba u Borovu Selu 2. svibnja 1991., kada je iz zasjede ubijeno dvanaest hrvatskih policajaca. Od tog dana, selo se našlo pod potpunom blokadom. Višemjesečni pritisak lokalnih srpskih pobunjenika, potpomognutih snagama JNA stacioniranim u okolnim selima, pretvorio je život u Ćelijama u borbu za preživljavanje. Selo je bilo odsječeno, a svaki pokušaj dostave hrane i sanitetskog materijala postao je smrtonosna misija.
Eskalacija je uslijedila početkom srpnja. Već 4. srpnja, JNA i pobunjeni Srbi iz Bobote i Silaša napali su hrvatske snage koje su pokušavale dostaviti pomoć opkoljenom selu. Postalo je jasno da se priprema konačni napad. Glavna ofenziva započela je u nedjelju, 7. srpnja, točno u podne. Udružene snage JNA, lokalnih četnika i paravojnih postrojbi iz Srbije, poput "arkanovaca", pokrenule su žestok topnički i pješački napad. Obranu sela činili su malobrojni i slabo naoružani mještani te oko 120 pripadnika 106. osječke brigade Zbora narodne garde. Odnos snaga bio je poražavajući. Agresor je raspolagao tenkovima, teškim topništvom i neograničenim količinama streljiva.
Suočeni s nemogućnošću obrane, Krizni stožer donio je tešku odluku o evakuaciji. Dio branitelja i civila uspio se probiti nesigurnim poljskim putovima prema Antunovcu, dok su ostali evakuirani u dogovoru s JNA, koja je lažno jamčila sigurnost. Do jutra 9. srpnja, selo je bilo potpuno prazno. No, čak ni napuštene kuće nisu bile pošteđene. Minobacački napadi nastavljeni su i nakon što su posljednji stanovnici napustili svoje domove, kao zlokobna najava onoga što će uslijediti.
Ujutro 9. srpnja 1991., srpske snage ušle su u prazno selo. Ono što je uslijedilo nije bio čin rata, već hladnokrvno, sustavno uništavanje s ciljem potpunog brisanja postojanja jednog hrvatskog sela. Prvo je uslijedila organizirana pljačka. Agresori su odvozili sve što je imalo vrijednost: poljoprivredne strojeve, traktore, stoku, namještaj, bijelu tehniku. Prema svjedočanstvima, ono što nisu mogli odnijeti, uništavali su na licu mjesta.
Nakon pljačke, započeo je ritual uništenja. Kuću po kuću, obiteljske domove, gospodarske objekte i na kraju mjesnu crkvu Srca Isusova, polijevali su benzinom i palili. Gusti crni dim vidio se čak i u petnaestak kilometara udaljenom Osijeku. No, paljenje nije bilo dovoljno. Kako bi osigurali da se Hrvati nikada ne vrate, agresori su teškom mehanizacijom, bagerima i tenkovima, rušili zidove zapaljenih kuća, pretvarajući selo u hrpu ruševina i prašine. Ćelije su doslovno izbrisane s lica zemlje, postavši prvi primjer "urbicida" u Domovinskom ratu.
Strategija "spaljene zemlje" ponovljena je u stotinama hrvatskih sela i naselja, od Aljmaša, Erduta i Dalja, preko Lovasa i Saborskog, pa sve do Škabrnje u dalmatinskom zaleđu. Cilj je uvijek bio isti: protjerati nesrpsko stanovništvo i uništiti materijalne dokaze njihova postojanja, od obiteljskih kuća do kulturnih i vjerskih objekata.
Uništeno područje Ćelija ubrzo je dobilo još jednu monstruoznu namjenu. Već 21. rujna 1991., pripadnici paravojne postrojbe pod vodstvom Željka Ražnatovića Arkana ondje su bacili tijela jedanaest zatočenika iz Dalja. Kasnije su na istom mjestu pronađeni posmrtni ostaci još najmanje dvadeset i jedne osobe, žrtava iz okolnih mjesta. Za zločin do danas nitko nije pravomoćno kažnjen.
Dva desetljeća nakon rata o Ćelijama je snimljen dokumentarni film "Gdje su Ćelije", koji donosi priču o povratnicima, njihovu životu u obnovljenom selu i teškom suočavanju s prošlošću. Film prikazuje kako danas izgleda mjesto koje je 1991. nestalo u plamenu, ali i koliko je povratnicima bolno svakodnevno susretati one koji su tada bili na suprotnoj strani i zbog kojih su morali napustiti svoje domove.