U tom dopisu Šantić, između ostalog, navodi da se vojnici HVO-a hrabro bore protiv četnika, ali i pripadnici Armije BiH, pa se teško može zaključiti da je Šantić činio išta da naruši kakvu-takvu suradnju Bošnjaka i Hrvata blokirane enklave. Upravo tad, između prosinca 1994. i siječnja 1995., srpske snage uspjele su odbaciti 5. korpus i linije obrane prema Bihaću te dovesti grad u rizik da padne. Međutim, Šantić je osmislio i pokrenuo vojnu operaciju HVO-a te 13. siječnja 1995. vraća sve ranije oduzete položaje.
Dva mjeseca nakon akcije, 5. ožujka 1995., Šantića i Dudakovića posjetilo je izaslanstvo iz Zagreba, koje su činili Muhamed Zulić, Bernardo Jurlina i Drago Lovrić. Šantić je namjeravo poći s njima u Zagreb da izvijesti o vojnom i civilnom stanju Hrvata, no zaustavila ga je vojna policija Armije BiH zbog zapovijedi da ga zadrže u Bihaću. Šantića je u Glavnom stožeru 101. pukovnije uhitio Hamdija Abdić Tigar, zapovjednik 502. brdske brigade Armije BiH.
Šantić je, prema nekim svjedocima, doveden pred Dudakovića u bihaćki hotel Sedra 8. ožujka 1995., u kojem su ga brutalno pretukli. Nakon toga, generala Šantića su odveli i ubili. Nitko ništa nije znao, nitko ništa nije vidio, nijekali su da je uopće ubijen... A onda, bivši bošnjački član Predsjedništva BiH Ejup Ganić uputio je sućut obitelji nekoliko dana nakon generalova nestanka. Paradoksalno, generala Šantića vlasti su vodile kao nestalog sve do 2014. Dugih 19 godina ništa se novo nije znalo.
Sve do 2014., kad je redakciju Dnevnog avaza nazvao anomini svjedok i otkrio lokaciju plastične bačve u kojoj su ubojice stavili tijelo generala Šantića te ga polili benzinom, naftom i razrjeđivačem. Bačvu su pronašli, ali analiza DNK nije bila moguća. Po navodima zaštićenog svjedoka iz optužnice, koju je pripremilo Tužiteljstvo Unsko-sanske županije, tu je general Šantić pretučen.
Tragovi krvi otkriveni su kasnijom forenzičkom istragom, kao i u kombiju Armije BiH kojim je prevezen do sjedišta Vojne policije u zgradi željezničke postaje gdje je bilo sjedište Vojne policije u Bihaću. Tu su također, nakon gotovo 20 godina, otkriveni tragovi krvi, kao i u podrumu obiteljske kuće u kojoj je ubijen s četiri metka. Do 2014. okončana je jedna od istraga koja je utvrdila da je general Šantić ubijen. Sin Duje odgovornima smatra Abdića i Dudakovića.
Hamdija Abdić Tigar Jutarnjem listu 2014. je izjavio: "Obojica smo bili malo pijani, pa se ne sjećam svih detalja. Otišli smo zajedno u taj hotel. Tamo je sve već bilo pijano. Ja sam otišao prije njega i doista ne znam što se dalje događalo. Sjećam se da me sutradan oko 11 sati nazvao Dudaković i pitao gdje je Vlado.
Nisam znao, pa smo zaključio da se otišao negdje opustiti. Prošlo je nekoliko dana, nije se vratio, provodila se istraga o svemu, neki su ljudi čak bili uhićeni i pritvoreni nekoliko mjeseci te potom pušteni jer nije bilo dokaza da su u nešto nečasno bili umiješani. Budimo realni, da ga je trebalo ubiti, to bi se odradilo na frontu, tako bi se sve lakše zamaskiralo, a ne ovako".
Atifa Dudakovića, pak, nikad nisu optužili. Čak je i Šantićevoj supruzi Jagodi rekao da ne zna ništa o tomu. Čaršijske priče govore da su generala Šantića ubili zbog navodnog šverca sa Srbima, dok dio hrvatske javnosti misli da su ga ubili zbog političkog naloga s vrha iz Sarajeva. Odvjetnik obitelji Šantić, Josip Muselimović, pak, odavno je upozoravao na pravosudne nelogičnosti.
"Obitelj očekuje pravednu odluku i uvjerena je da su upravo osumnjičene osobe na čelu s Hamdijom Abdićem Tigrom počinitelji tog kaznenog djela te da postoji previše dokaza u tome pravcu", objasnio je Muselimović Večernjem listu. Smatraju da je istraga trebala biti državna, a ne županijska, i da se slučaj ne može voditi kao civilno ubojstvo, nego kao ratni zločin.
Što će sudski proces donijeti, nije poznato, kao ni gdje su ostaci generala Šantića. Obitelj, napose sin Duje, od oca ima stare sunčane naočale Ray Ban koje je nosio, nekoliko slika i veliku želju da pokopa oca, da počiva u miru, kad već nije dočekao Oluju i deblokadu Bihaća.
